Le roman s’ouvre sur le destin tragique des frères de Witt. Guillaume d’Orange vient d’accéder au trône et les deux frères, accusés de conspirer contre la Hollande, sont exécutés sur la place. Le tulipier Cornélius Van Baerle, filleul de Corneille de Witt, est lui aussi accusé de trahison et jeté en prison. C’est là qu’il fait la connaissance de Rosa, la fille du geôlier, et c’est grâce à elle qu’il parvient à poursuivre son rêve : créer la tulipe noire. Un rêve semé d’embûches qui va lui permettre de connaître l’amour.